Le Palais de Ajuria Enea n'a pas été le seul siège du Gouvernement du Pays Basque de son histoire. Lorsque les troupes fascistes commandées par le dictateur Franco se levèrent contre le pouvoir démocratique de la République le 18 juillet 1936, l'Exécutif basque présidé par le premier Lehendakari du Pays Basque José Antonio Aguirre y Lekube transféra son centre d'opérations à l'Hôtel Carlton de Bilbao.

Conçu en 1919 par Manuel Maria Smith, le Carlton a été témoin d'événements importants du point de vue social et culturel ayant eu lieu au cours de l'histoire contemporaine de l'Euskadi. C'est de là que Aguirre et son gouvernement organisèrent l'Armée basque qui lutta pendant la Guerre civile pour défendre les valeurs démocratiques en vigueur. C'est aujourd'hui l'un des édifices les plus emblématiques de Bilbao. Situé sur la place Federico Moyúa, point de rencontre des rues du centre financier le plus important de l'Ensanche de Bilbao, il a été déclaré récemment Monument architectural, historique et culturel par le Gouvernement basque. Sa valeur artistique peut être perçue dans chaque détail, dans sa décoration au style classique raffiné. L'Hôtel Carlton a été totalement rénové en 1994 afin de l'adapter aux besoins actuels.

Après la chute de Bilbao en juin 1937, l'Exécutif basque de José Antonio Aguirre décida de partir à Barcelone, au numéro 66 du Paseo de Gracia, où récemment, a été posée une plaque en catalan et en basque, commémorant la présence officielle du Gouvernement basque au cours de ces mois tragiques.

Mais, de son siège barcelonais, l'exécutif de Aguirre commença à préparer l'exil, en créant des centres de coordination avec l'étranger pour envisager une éventuelle diaspora en prévision des événements les plus néfastes du soulèvement fasciste. Ainsi, furent ouverts successivement les consulats de l'Euskadi à Londres, à Bayonne, et à Buenos Aires, mais c'est à Paris, que fut acquis ce qui deviendrait finalement le siège officiel du Gouvernement basque en exil.

Grâce aux relations de plusieurs expatriés en rapport avec le nationalisme basque, est acheté un hôtel particulier au numéro 11 de l'Avenue Marceau dans le centre de Paris. Après la déroute de la République, l'Exécutif de l'Euskadi centralise dans cet historique " château " parisien ses efforts pour accueillir les dizaines de milliers de réfugiés basques qui fuyaient la guerre et pour échafauder une politique internationale visant à convaincre les démocratie européennes de la nécessité de rétablir la légalité annihilée par Franco.

La chute de la capitale française aux mains des nazis en mai 1940 entraîna le démantèlement et l'occupation ultérieure des bureaux par la police franquiste. Mais la déroute des forces de l'Axe permit le retour du Gouvernement basque avenue Marceau, où furent organisés des événements de première importance comme le montre en 1947 la cérémonie de fondation des NEI, les Nouvelles équipes internationales, l'embryon de ce qui serait par la suite l'Union européenne des démocrates-chrétiens, dont le chef le plus charismatique fut Konrad Adenauer.

Malheureusement, la suite des événements fut difficile. Le 28 juin 1951, le Gouvernement français ordonnait l'expulsion définitive de l'hôtel particulier en vertu d'une loi franquiste établissant la possession de tous les biens de la République, ce qui, assorti d'une forte pression politique de la part du nouvel Etat illégitime espagnol sur le français, entraîna l'irrévocabilité de la décision. José Antonio Aguirre lui-même avait l'habitude de rappeler que l'une de ses pires expériences avait été la confiscation du palais de l'avenue Marceau par le dictateur, une propriété qui n'a jamais été rendue à l'administration basque. Depuis 1991, cet immeuble abrite le siège de l'Institut Cervantes de Paris.

Par chance, certains membres de ce Gouvernement basque trouvèrent un nouveau lieu de résidence au numéro 48 de la rue Singer de Paris pour y déplacer en toute sécurité le centre officiel en exil. Il s'agissait d'une vieille demeure de trois étages qui en 1965 fut détruite après un réaménagement urbain pour y construire un nouvel immeuble. L'Exécutif logea à l'entresol de la maison du numéro 50 de la rue Singer jusqu'au retour au Pays Basque du Lehendakari Leizaola, le 15 décembre 1979.